总局明确印花税在土地增值税清算中的扣除规则

为进一步规范土地增值税征收管理，国家税务总局于2026年1月1日发布《国家税务总局关于土地增值税若干征管口径的公告》（国家税务总局公告2026年第3号，以下简称3号公告），对印花税在土地增值税清算中的扣除规则作出明确规定，终结了长期以来的纳税争议。

例：甲房地产开发企业A项目进行土地增值税清算时，按规定归集的取得土地使用权的成本为3000万元，开发成本为5000万元，开发费用为1000万元(其中利息支出不能提供金融机构证明)，转让房地产有关的税金350万元(含转让房产缴纳的印花税10万元)。当地规定的开发费用扣除比例为10%。

A项目土地增值税清算时扣除项目金额合计是多少？

1.印花税按开发费用扣除

A项目扣除项目金额合计=取得土地使用权所支付的金额+开发成本+开发费用+与转让房地产有关的税金+20%的加计扣除=3000+5000+(3000+5000)×10%+(350-10)+(3000+5000)×20%= 10740(万元)。

政策依据：

根据《关于印发<施工、房地产开发企业财务制度>的通知》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》相关规定，计算土地增值税的增值额时允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，将其缴纳的印花税列入管理费用，按相应规定予以扣除。

2.印花税按与转让房地产有关的税金扣除

A项目扣除项目金额合计=3000+5000+(3000+5000)×10%+350+(3000+5000)×20%=10750(万元)。

政策依据：

根据《财政部关于印发<增值税会计处理规定>的通知》规定，印花税计入“税金及附加”科目核算。

根据《国家税务总局山东省税务局关于发布<国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法>的公告》规定，与转让房地产有关的税金，包括房地产开发企业缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税、教育费附加、地方教育附加。

3.印花税根据会计核算科目适用不同的扣除规定

如：《国家税务总局广东省税务局关于发布<国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程>的公告》规定，根据会计制度规定，纳税人缴纳的印花税列入“管理费用”科目核算的，按照房地产开发费用的有关规定扣除，列入“税金及附加”科目核算的，计入“与转让房地产有关税金”予以扣除。

通过上述案例可以看出，房地产开发企业在收入一定的情况下，印花税按“开发费用”扣除还是按“与转让房地产有关的税金”扣除会导致清算项目的扣除金额不同，进而影响清算项目土地增值税的税负，所以印花税的扣除规则就成了纳税争议的焦点。

3号公告第五条规定，纳税人因转让房地产缴纳的印花税，在申报土地增值税时计入“与转让房地产有关的税金”扣除。

房地产开发企业转让开发产品缴纳的印花税，无论会计核算计入“管理费用”科目，还是计入“税金及附加”科目，其与转让房地产的直接关联性不变。3号公告将扣除依据从“会计科目”转向“经济实质”，统一将其计入“与转让房地产有关的税金”扣除，从根本上解决了纳税争议。

三、实操要点

企业需按项目归集印花税完税情况，台账注明开发项目名称、应税凭证名称、计税依据、税目、税率、缴纳时间、完税凭证号等。

在土地增值税清算申报时，需将销售开发产品缴纳的印花税单独列示在“与转让房地产有关的税金”项下。

若不是转让房地产缴纳的印花税，如建造合同缴纳的印花税，则不能在“与转让房地产有关的税金”项下填写，确保扣除金额准确。

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